Uddannelsen er I høj grad baseret på eksperimentelt laboratoriearbejde med fokus på at designe og tilrettelægge forsøg, analysere problemstillinger og beskrive resultaterne af forsøg. Derudover er der fokus på problembaseret læring, da alle semestrene er baseret på gruppearbejde både i kurser og projektarbejde.

Civilingeniøruddannelsen i bioteknologi er opbygget af delvis kurser og delvis projektarbejde. Kurserne inkluderer undervisning om DNA, proteiner og andre bioaktive molekyler, herunder om produktion, oprensning og karakterisering af proteiner og andre bioaktive molekyler. Derudover bioinformatik og den nyeste viden indenfor at karakterisere genomer og proteomer, men også mikrobielle samfund og deres betydning og funktion.